Para peneliti di Universitas Cambridge, Inggris; dan Jerman mencoba merekonstruksi "jalur evolusi" awal Covid-19 saat menginfeksi manusia dari tempat asalnya, Kota Wuhan di Cina. Caranya dengan menggunakan teknik jaringan genetik.
Dengan menganalisis 160 genom virus lengkap pertama yang diurutkan dari pasien, para ilmuwan telah memetakan beberapa penyebaran asli virus corona baru melalui mutasinya. Mereka menemukan adanya garis keturunan virus yang berbeda.
Temuan ini telah diterbitkan di jurnal Proceedings of National Academy of Sciences (PNAS) pekan lalu. Perangkat lunak yang digunakan dalam penelitian ini, serta klasifikasi lebih dari 1.000 genom dan penghitungan virus corona, tersedia gratis di fluxus-technology.com.
"Ada terlalu banyak mutasi untuk melacak keluarga Covid-19. Kami menggunakan algoritma jaringan matematika untuk memvisualkan semua turunan secara bersamaan," kata Peter Forster, ahli genetika dan penulis utama penelitian ini, dari Universitas Cambridge.
Teknik ini sebagian besar dikenal untuk memetakan pergerakan manusia prasejarah melalui DNA. "Ini adalah pertama kalinya teknik tersebut digunakan untuk melacak rute infeksi virus corona seperti Covid-19," ucap Forster.
Tim menggunakan data dari genom virus yang diambil sampelnya dari seluruh dunia antara 24 Desember 2019 dan 4 Maret 2020. Penelitian ini mengungkap tiga varian Covid-19, yang terdiri atas kelompok garis keturunan yang terkait erat. Lalu, mereka diberi label A, B, dan C.
Forster dan timnya mengatakan tipe Covid-19 paling dekat dengan yang ditemukan pada kelelawar-tipe A, "genom virus manusia asli"-ada di Wuhan. Tapi, yang menarik, tipe A itu bukanlah virus utama di kota itu. Versi mutasi A juga ditemukan di Amerika dan Australia.
Jenis virus utama Wuhan adalah B dan lazim didapati pada pasien dari seluruh Asia Timur. Namun varian itu tak melakukan banyak perjalanan di luar wilayah tanpa mutasi lebih lanjut. Ini menandakan adanya "perlawanan" terhadap Covid-19 di luar Asia Timur, demikian menurut para peneliti.
Varian C adalah tipe utama di Eropa, ditemukan pada pasien awal di Prancis, Italia, Swedia, dan Inggris. Varian itu tak ada dalam sampel di daratan Cina, namun terlihat di Singapura, Hong Kong, dan Korea Selatan.
Analisis baru juga menunjukkan bahwa salah satu jalan awal masuknya virus ini ke Italia datang melalui infeksi Jerman, yang pertama kali diumumkan pada 27 Januari. Sedangkan rute infeksi Italia awal lainnya terkait dengan "kluster Singapura".
Yang penting, para peneliti mengatakan bahwa teknik jaringan genetik mereka secara akurat dapat melacak rute infeksi yang sudah ada: mutasi dan garis keturunan virus bergabung dengan titik-titik di antara kasus-kasus yang diketahui.
Dengan begitu, para ilmuwan berpendapat metode "filogenetik" ini dapat diterapkan pada rangkaian genom virus corona terbaru untuk membantu memprediksi titik panas global penularan dan penyebaran penyakit di masa depan.
"Analisis jaringan filogenetik memiliki potensi untuk membantu mengidentifikasi sumber infeksi Covid-19 yang tidak terdokumentasi, yang kemudian dapat dikarantina untuk melihat penyebaran penyakit lebih lanjut di seluruh dunia," kata Forster.
Varian A, yang paling dekat hubungannya dengan virus yang ditemukan pada kelelawar dan tenggiling, digambarkan sebagai "akar wabah" oleh para peneliti. Tipe B berasal dari A dan dipisahkan oleh dua mutasi. Kemudian C adalah "anak" dari tipe B.
Forster berpendapat ada penjelasan lain yang patut dipertimbangkan. "Virus tipe B Wuhan dapat secara imunologis atau lingkungan diadaptasi untuk sebagian besar populasi Asia Timur. Mungkin perlu bermutasi untuk mengatasi resistansi di luar Asia Timur," ucapnya. SCIENCEDAILY | GRAPHIC NEWS | FIRMAN ATMAKUSUMA
