Stasiun Manggarai terus berbenah. Bagian utama stasiun akan dibangun menjadi tiga lantai. Jumlah lintasan kereta dilipatgandakan. Fasilitas lainnya juga sedang dikerjakan. Kementerian Perhubungan menargetkan, pada 2021, stasiun ini akan menjadi pusat pelayanan semua perjalanan kereta: kereta rel listrik, kereta jarak jauh, dan kereta bandara. Stasiun Manggarai pun akan terintegrasi dengan sarana transportasi publik lainnya, seperti bus Transjak