Kepergiannya ke Israel mengundang kontroversi di dalam negeri. Ia dianggap tidak berempati kepada perjuangan rakyat Palestina, bahkan ada yang memintanya mundur dari posisinya sebagai anggota Dewan Pertimbangan Presiden. Ia merasa tetap harus berangkat meski sadar akan risiko yang bakal dihadapi.

Yahya Cholil Staquf mengatakan kehadirannya di American Jews Committee (AJC) Global Forum dua pekan lalu merupakan bagian dari pekerjaan panjang yang d