Setelah sempat menyatakan dukungan terhadap bakal calon gubernur Humam Hamid dan Hasbi Abdullah, Komite Peralihan Aceh Gerakan Aceh Merdeka, melalui Ketua Komite Peralihan Pusat Muzzakir Manaf, mencabut dukungannya terhadap calon tersebut. Dengan demikian, komite peralihan mengambil posisi netral dalam pemilihan kepala daerah yang akan dilangsungkan pada 11 Desember 2006.

Sebelum pe