Tak disangka, langkah Presiden Susilo Bambang Yudhoyono membentuk Unit Kerja Presiden untuk Pengelolaan Program Kebijakan dan Reformasi (UKP3KR) melalui Keputusan Presiden Nomor 17 Tahun 2006 tanggal 29 September 2006 mendapat kritik pedas dari banyak kalangan. Ada pengamat yang menyatakan Presiden tidak lagi mempercayai para menterinya, selain ada yang khawatir