Pengasuh Pondok Pesantren Tebuireng, JombangKoran Tempo edisi 2 Juni 2006 memuat tulisan M. Dawam Rahardjo berjudul "Siapa Sebaiknya Menteri Agama itu?", yang mengemukakan bahwa Departemen Agama berdasarkan pasal 29 (asli) seharusnya merupakan sebuah lembaga yang mewakili negara sekuler dan bukan mewakili negara agama dalam bentuk mini sebagaimana Departemen Agama RI sekarang ini.Juga dikemukakan bahwa menurut penelitian Komisi Nas