Departemen Agama, berdasarkan Pasal 29 Undang-Undang Dasar 1945 (asli), seharusnya merupakan sebuah lembaga yang mewakili sebuah negara sekuler, dan bukan mewakili negara agama dalam bentuk mini sebagaimana Departemen Agama RI sekarang ini. Menurut penelitian Komisi Nasional Hak Asasi Manusia, Departemen Agama dewasa ini lebih merupakan suatu departemen agama Islam, dan bukannya departemen agama-agama. Setidak-