Sebagai sekolah unggulan, ternyata Sekolah Menengah Atas Negeri 68 Jakarta sangat penuh dengan masalah. Salah satunya tidak transparannya pengelolaan uang yang hampir Rp 10 miliar tiap tahun ajaran, yang sudah selama tiga tahun terakhir tidak ada laporan. Yang paling parah adalah buruknya kinerja para wakil kepala sekolah yang seharusnya merupakan ujung tombak peningkatan prestasi sekolah, ditambah peran komite yang pembentukannya tak berdasarkan