Pembentukan Unit Kerja Presiden untuk Pengelolaan Program Reformasi telah lama disiapkan. Proses penyusunan unit ini bahkan sudah dibicarakan dalam rapat kabinet dan diketahui Wakil Presiden Jusuf Kalla. Sumber Tempo di Komisi Pemberantasan Korupsi memaparkan proses berlangsung sejak Oktober 2004 hingga September 2006.

Tim ini di antaranya merupakan respons Presiden atas surat KPK yang menyarankan pembentukan tim untuk pencegahan dan penindakan k