Meski DPR secara resmi telah mengesahkan Undang-Undang Pemerintahan Aceh, para petinggi Gerakan Aceh Merdeka menilai masih ada dua pasal yang mengganjal.

Pasal 8

1. Rencana persetujuan internasional yang berkaitan langsung dengan pemerintahan Aceh yang dibuat oleh pemerintah dilakukan dengan konsultasi dan pertimbangan DPR Aceh.
2. Rencana pembentukan undang-undang oleh Dewan Perwakilan Rakyat yang berkaitan langsung dengan pemerintah Aceh dilakukan deng