Pondok Pesantren Al-Zaytun, Indramayu, dikabarkan terkait dengan gerakan Negara Islam Indonesia (NII) KW-9. Bahkan penelitian Majelis Ulama Indonesia (MUI) pada 2002 menyebutkan kegiatan di pondok pesantren itu disinyalir menyimpang. Namun A.S. Panji Gumilang, pemimpin pondok pesantren itu, membantahnya. "Tidak pernah ada penelitian itu. Yang ada dilakukan Departemen Agama," ujar Ketua Yayasan Pesantren Indonesia itu saat ditemui di pondoknya, Juma