Ada delapan bangunan yang sejauh ini ditemukan di situs Tondowongso. Lima bangunan menyerupai altar (tempat pemujaan) dan tiga sudut candi.

Kompleks candi (satu candi utama menghadap ke barat dan tiga candi pendamping) seluas 38 x 38 meter.

Secara keseluruhan, situs Tondowongso berbentuk persegi panjang, dengan lebar 85 meter dan panjang 120 meter. Luasnya diperkirakan mencapai 1,06 hektare.

Dari lima struktur altar diketahui adanya pintu masuk ya