Film aksi fantasi ini mengambil latar tempat dan waktu bumi di masa 400 tahun ke depan. Ketika itu penyakit telah meniadakan mayoritas populasi manusia di bumi. Saat itu ada sebuah negara yang sangat terproteksi bernama Bregna. Negara ini dijalankan oleh sekelompok kongres yang terdiri atas kaum ilmuwan.

Di tempat itulah, muncul seorang wanita pembunuh bayaran misterius bernama Aeon Flux (Charlize Theron) yang bekerja untuk Monican, sebuah kelompo