Persoalan Partai Kebangkitan Bangsa merembet ke gedung Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Jawa Timur. Kantor Fraksi Kebangkitan Bangsa di DPRD Jawa Timur sempat digeruduk dan diduduki sejumlah anggota PKB pendukung Gus Dur. Cara keras itu telah "mengusir" 19 anggota Fraksi PKB yang menyeberang ke Partai Kebangkitan Nahdlatul Ulama (PKNU).

Meskipun secara de facto kantor Fraksi PKB dikuasai oleh Ja`far Sodiq, secara de jure FPKB yang dipimpin Masruroh W