Sejak diberlakukannya Undang-Undang Nomor 22 Tahun 1999 tentang Pemerintahan Daerah, sejumlah daerah berusaha mematahkan dominasi PT Pelindo dalam mengelola pelabuhan.

Salah satu daerah yang menentang monopoli PT Pelindo adalah Pemerintah Kabupaten Gresik, dengan menerbitkan Peraturan Daerah Nomor 19 Tahun 2001 tentang Kepelabuhan. Dengan aturan ini, pemerintah mengelola pelabuhan khusus, yaitu pelabuhan yang melayani jasa pelabuhan bagi kalangan